Ekstrakurikuler merupakan gabungan dari dua kata, yaitu ekstra yang berarti kegiatan tambahan di luar kegiatan inti, dan kurikuler yang berkaitan dengan kurikulum, yakni rancangan pendidikan yang disusun oleh lembaga untuk mencapai tujuan pembelajaran tertentu. Dengan demikian, kegiatan ekstrakurikuler dimaknai sebagai kegiatan yang dilaksanakan di luar jam pelajaran formal yang telah ditetapkan dalam kurikulum, dan berfungsi sebagai sarana pengembangan pengetahuan, keterampilan, serta kepribadian peserta didik di luar kegiatan intrakurikuler.
Di MTs-MA Miftahussa’adah Mijen, kegiatan ekstrakurikuler dilaksanakan di bawah bimbingan guru dan pembina madrasah dengan tujuan utama untuk mengembangkan potensi siswa secara menyeluruh baik dalam aspek kepribadian, bakat, minat, maupun keterampilan sosial. Kegiatan ini juga berperan dalam menumbuhkan kedisiplinan, tanggung jawab, serta memperkuat nilai-nilai keislaman yang menjadi ciri khas madrasah.
Selain mendukung proses pembelajaran formal, kegiatan ekstrakurikuler di MTs-MA Miftahussa’adah Mijen juga dirancang agar mampu menyeimbangkan aspek kognitif, afektif, dan psikomotor peserta didik. Adapun beberapa kegiatan ekstrakurikuler yang diselenggarakan di MTs-MA Miftahussa’adah Mijen antara lain: